W 1838 r. ks. de Jacobis spotkał się z prefektem Kongregacji Rozkrzewiania Wiary, kard. Filipem Fransonim. Hierarcha opowiedział mu o zainicjowanych niedawno misjach w Etiopii (zwanej wówczas Abisynią). Kardynał zdecydował się zaproponować ks. de Jacobisa na stanowisko administratora apostolskiego tego kraju. Stolica Apostolska i przełożeni zgromadzenia wydali zgodę.
W 1839 r. ks. Justyn dotarł na Czarny Ląd. Przez pierwsze miesiące ukrywał fakt bycia katolickim kapłanem. Owocnie uczył się trzech lokalnych dialektów, by móc łatwiej dotrzeć do miejscowej ludności z dobra nowiną. Społeczność Etiopii dzieliła się na monofizyckich koptów, mahometan i pogan-politeistów. Przyszły święty skupił się na pracy wśród koptów. Ubierał się jak Abisyńczyk, a także sprawował swe kapłańskie obowiązki według kalendarza liturgicznego koptyjskiego.
Z czasem zaczął prowadzić dyskusje z innowiercami. Duchowieństwo koptyjskie było bardzo słabo wykształcone i dalekie od przestrzegania zasad chrześcijańskiej moralności. Niektórzy, gotowi do przyjęcia prawdy ktokolwiek by ją głosił, otaczani wielkim szacunkiem mnisi koptyjscy, po dyskusjach z ks. Justynem, zaczęli zauważać błędy monofizytyzmu. Imponował im stopień wykształcenia katolickiego misjonarza i jego cnoty. Byli jednak i tacy, którzy trwali uparcie przy herezji. Właśnie oni zapałali nienawiścią do ks. Justyna, gdy ten nawrócił na katolicyzm powszechnie znanego i szanowanego mnicha Michała, który zaczął gorliwie pomagać przy tłumaczeniu katechizmu i innych ksiąg pobożnych na lokalne dialekty. Co więcej, wstąpił też do Zgromadzenia Misji.
Miejscowy koptyjski patriarcha nałożył ekskomunikę na każdego, kto by utrzymywał kontakty z ks. de Jacobisem. Misjonarz natomiast próbował namówić patriarchę i dostojników koptyjskich do spotkania z Ojcem Świętym, jednak te próby okazały się bezskuteczne.
Udało się natomiast ks. Justynowi założyć w Etiopii szkołę i seminarium, ale nie było w pobliżu biskupa, który mógłby wyświęcać absolwentów tego seminarium. Posługujący daleko na południu Etiopii bp Wilhelm Massaia zgodził się wyjątkowo wyświęcić seminarzystów, ale jednocześnie zarekomendował Stolicy Apostolskiej ks. de Jacobisa jako kandydata na biskupa. Gdyby na czele kierowanej przez ks. de Jacobisa administratury apostolskiej stanął biskup, jej ranga i znaczenie uległyby wzmocnieniu. Ojciec Święty przychylił się do wspomnianej rekomendacji i udzielił zgody na potajemną sakrę biskupią dla ks. Justyna, wyraził również pewną aprobatę dla wykorzystywania liturgii koptyjskiej przez katolickich misjonarzy, choć sprawa ta wówczas nie została definitywnie rozstrzygnięta.
Koptowie żyli nie tylko w Abisynii, ale także w Egipcie. Ich patriarcha w Aleksandrii bacznie obserwował rozwój sytuacji w Abisynii. Coraz większe efekty pracy duszpasterskiej katolickich misjonarzy wywołały jego gniew. Mając duży autorytet wśród wszystkich koptów, podburzył władze etiopskie, te zaś rozpoczęły prześladowania katolickich kapłanów i wiernych. W ramach tych prześladowań zginął wspomniany konwertyta na katolicyzm mnich Michał. Z wielką radością poniósł męczeństwo za prawdziwą wiarę, a stosunkowo niedługo po śmierci został wyniesiony do chwały ołtarzy. Biskup de Jacobis zaś został wtrącony do więzienia. Zwolniono go dopiero pięć miesięcy później.
Mimo tych wątpliwości do 1853 r. udało się bpowi Justynowi wyświęcić 20 kapłanów, a łączna liczba etiopskich katolików wzrosła do 5000, udało się też na nowo otworzyć szkołę w Gualà. Podczas epidemii cholery, podobnie jak w Neapolu, bp Justyn pomagał chorym i udzielał im sakramentów.
W 1860 r. wybuchły kolejne prześladowania. Znowu aresztowano bpa de Jacobisa. Spędził on wówczas w więzieniu kilka miesięcy. Potem wypędzono go daleko na północ, do graniczącej z właściwą Etiopią Erytrei. Tam też zmarł na wygnaniu w tym samym roku.
Zanim starożytni chrześcijanie etiopscy ulegli monofizytyzmowi, byli katolikami. Potem utracili jedność z Rzymem. Biskup Justyn był tą osobą, która zapoczątkowała dzieło odrodzenia Kościoła katolickiego w Etiopii. Udało się rozstrzygnąć wątpliwości i Stolica Apostolska pozwoliła monofizyckim koptom, przyjmującym wiarę katolicką, zachować wiele ich dawnych obrzędów z gwarancją dochowania wierności ortodoksji. W ten sposób powstał Kościół katolicki obrządku koptyjskiego. Jego wierni, zachowując koptyjską liturgię, trwają do dziś w jedności doktryny z katolickim Rzymem i Ojcem Świętym.
Módlmy się o wielką gorliwość misyjną i mądrość dla kapłanów, aby owocnie pracowali nad pomnożeniem chwały Bożej i dla dobra dusz.